Öyle ki,  Ergenekon soruşturması kapsamında 2 Mart 2011'de birlikte tutuklandığı ve bir yıl aynı koğuşu paylaştığı Ahmet Şık’ın da ağır tepkisini aldı.

Şener’e tepki gösterenlerden sonuncusu Ahmet Nesin oldu. Nesin, Artı Gerçek’teki "Sen hiç zekâ testi yaptırdın mı Nedim Şener!" başlıklı yazısında, Şener’e bazı sorular yöneltiyor.

“Artık aydın olmanın, gazeteciliğin ya da yazarlığın bir testi yapılmalı” ironisi yapan Nesin, Şener’in "15 Temmuz darbe girişimi başarılı olsaydı veya 16 Temmuz sabaha karşı 03.00'de gerçekleşseydi, o er, öğrenci falan denilen adamlar var ya, bir darbeyi gerçekleştiren failler olacaklardı” sözlerini hatırlatıyor.

Şener’e, "Sen inandığın ya da zorlandığın bir şey için ölmeye hazır mısın” diye soran Nesin, “5 günlük asker olsan ne yapardın, komutanın emrine uyup gelişigüzel ateş mi açardın yada vatan millet Sakarya deyip öldürülmeni mi beklerdin. Neden ölmek istesin o çocuk Nedim Şener, neden, o çocuk öldüğünde darbe başarılı yada başarısız mı olacak” diye soruyor.

“Taciz işkencelerinin çoğunu Gülenci diye hapse girip aynı tacize maruz kalmamak için yapan memurlar var, bunu biliyor muydun” diyen Nesin, sözlerini şöyle sürdürüyor:

“Aynı o çocukların durumu gibi, ya işkence yapacak ve belki uzun süre tedavi olacak yada kendisine yapılmasına izin verecek ki onda da tedavilik bir durum. Onca hapishane intiharının nedenini bir araştır istersen. Bu dediklerimin hem şehitleri, hem şahitleri var, hem de raporları. Kendini onların yerine koy istersen 5 dakikalığına, hangisini tercih ederdin, bana bir yaz, söz aramızda kalacak. Şu tümceyi söylerken gerçekten hiç utanmadın mı acaba diye merak ediyorum, ‘Diğer erler darbeye kalkışmış.’ Sana bir tavsiyem var Nedim Şener, erlerin darbeye kalkıştığını düşünecek duruma geldiysen, sen bence paranoyayı da geçmişsin, gel bizim yanımıza, seni tedavi ettiririz, demokratlığına döner misin bilemem ama en azından seni normal bir insan haline getirebiliriz.”